自來水的污染源從上游到下游都有：
１、最上游的集水區因種植高冷蔬果，噴灑農藥，施放化學肥料，因此會隨著雨水沖到水庫裡面，污染水源，台灣一半以上的水庫也都有微囊藻毒，會導致肝病。

２、水源來到淨水廠，雖然會經過多種淨水處理，但為了殺菌，會加入大量的氯，放流水時還會加入更多的餘氯，以避免水質在流放過程滋生細菌，但過多的氯對人體有害，是致癌的重要因素。

３、淨水廠處理過的水在輸送到住家的過程中，因為管線嚴重老舊破損，會遭到嚴重污染，這些輸送幹管很多是日據時代留下來的老舊幹管，早已侵蝕不堪，有些會被地震震破，或被車子壓破，因此破損的管線因為埋在地下，導致大量土壤泥沙和重金屬滲入水中，這就是水塔塔底總是有大量污泥屯積的主要原因。

４、自來水進入住戶大樓時，會先儲存在大樓地下室的蓄水池，再用馬達抽到樓頂水塔。蓄水池的污染源很多，比如雨水、蟑螂、螞蟻、老鼠等小動物、垃圾、泥沙、灰塵．．．等等， 最可怕的是，蓄水池大多建在化糞池旁邊，遇到地震時，池壁可能被地震震破，導致淨水與髒水互相混合，就很可能長期喝到糞水。

５、自來水從蓄水池抽到水塔之後，因為塔蓋多少都有細縫，容易導致空氣中的廢氣、灰塵、硫化物、氧化鉛等髒物飄進水塔裡。就因為自來水的污染源這麼多，所以在清洗水塔和水管的時候才會清洗這麼多髒東西。